Đồng thời Thanh tra Chính phủ xác định trách nhiệm chính để xảy ra các sai phạm tại tổng công ty thuộc về chủ tịch HĐQT, tổng giám đốc và các thành viên ban lãnh đạo; đoàn thanh tra Bộ Công nghiệp (nay là Bộ Công thương) đã không phát hiện sai phạm... Thanh tra Chính phủ cũng kiến nghị xử lý sai phạm của một loạt cá nhân cụ thể thuộc tổng công ty.

Thanh tra Chính phủ xác định Công ty Thương mại thuốc lá có ký kết hợp đồng với chi nhánh Philip Morris tại VN về phân phối thuốc lá điếu Marlboro, trong đó nêu rõ không được xuất khẩu hoặc bán cho đơn vị khác để xuất khẩu nhưng công ty đã bán gần 10 triệu bao, trị giá trên 119 tỉ đồng cho Công ty TNHH một thành viên Thương mại quốc tế Hải Phòng để xuất khẩu.

Trong lĩnh vực quản lý dự án đầu tư ở Công ty cổ phần Hòa Việt và Công ty Thuốc lá Sài Gòn, Thanh tra Chính phủ xác định việc tổ chức thực hiện dự án có nhiều sai phạm. Tại Công ty Thuốc lá Sài Gòn, tiến độ dự án đầu tư di dời chậm dẫn đến chi phí trả lãi vay ngân hàng, thuê kho bãi lên đến 52,7 tỉ đồng, làm tăng chi phí đầu tư của dự án.

Sau khi Thanh tra Chính phủ có kết luận, Thủ tướng Chính phủ đã có ý kiến chỉ đạo, yêu cầu Bộ Công thương chỉ đạo chủ tịch HĐQT, tổng giám đốc Tổng công ty Thuốc lá VN tổ chức kiểm điểm, có hình thức xử lý nghiêm khắc đối với tập thể, cá nhân có sai phạm.