Theo Thanh tra Chính phủ, Vinalines đang có năm khoản nợ có nguy cơ không thu hồi được với số tiền trên 23 tỉ đồng.

Vinalines còn mua 73 tàu biển từ nước ngoài nhưng đa số đã qua sử dụng với tổng trị giá gần 23.000 tỉ đồng. Trong đó có 17 tàu qua sử dụng trên 15 năm, thậm chí có tàu trên 30 năm, nên tình trạng kỹ thuật kém, làm tăng chi phí bảo dưỡng, sửa chữa trong khi vốn đầu tư, kinh doanh đều phải đi vay làm phát sinh chi phí lãi vay, chênh lệch tỉ giá hối đoái... Đó là chưa kể có một số tàu quá tuổi quy định không được phép đăng ký tại VN, phải đăng ký và treo cờ nước ngoài, làm xấu bộ mặt đội tàu quốc gia và làm kém sức cạnh tranh.

Trong việc mua tàu cũng xảy ra tình trạng chênh lệch giá rất lớn và khi đưa vào khai thác có ảnh hưởng khác nhau đối với kinh tế vận tải biển. Cụ thể như tàu Inlaco Sping có giá mua 14,6 tỉ đồng, tàu Nosco Glory lại có giá mua 1.210,5 tỉ đồng nhưng quá trình lập, thẩm định và phê duyệt dự án không có sự phân biệt.

Hầu hết dự án mua tàu được lập sơ sài và dự án nào cũng nêu hiệu quả kinh tế cao, thời gian thu hồi vốn nhanh. Tuy nhiên, thực tế cho thấy có 5/27 tàu đóng mới, 34/73 tàu mua về đưa vào khai thác trong giai đoạn 2005-2010 đều bị lỗ, thậm chí có tàu lỗ nặng phải bán. Cụ thể như tàu VNL Galaxy mua năm 2007 với giá 973,4 tỉ đồng, đến cuối năm 2010 lỗ 192 tỉ đồng; tàu VN Glory giá 873,1 tỉ đồng, đến cuối năm 2010 lỗ 115,5 tỉ đồng; tàu VNL Global mua 73,3 tỉ đồng, đến cuối năm 2010 lỗ 77,3 tỉ đồng...

Kết luận của Thanh tra Chính phủ còn cho rằng nhiều dự án đầu tư của Vinalines có sai phạm. Chẳng hạn như dự án “Đầu tư nhà máy sửa chữa tàu Vinalines phía Nam”, Vinalines mua ụ nổi No83M đã qua sử dụng 43 năm, vượt 28 năm so với quy định. Giá mua ụ nổi và chi phí sửa chữa hai lần tại VN là 489,6 tỉ đồng (khoảng 26,3 triệu USD), tương đương 70% giá đóng ụ nổi mới, gây lãng phí vốn đầu tư.

Dự án “Nhà máy sửa chữa tàu biển Nosco Vinalines” được đầu tư xây dựng nhưng không có trong quy hoạch. Trong đó, Công ty cổ phần Tư vấn xây dựng cảng - đường thủy (Tedi Port), Công ty cổ phần Tư vấn thiết kế xây dựng giao thông thủy và Công ty Tư vấn xây dựng công trình thủy 1 có dấu hiệu thông thầu để Tedi Port trúng thầu tư vấn lập hồ sơ hơn 2,4 tỉ đồng...

Ở dự án “Xây dựng cảng trung chuyển vịnh Vân Phong” có một số sai phạm như tổ chức lễ khởi công dự án 4,1 tỉ đồng, vượt quy định hơn 4 tỉ đồng. Điều chỉnh dự toán gói thầu số 1 từ 16 tỉ đồng lên 21,6 tỉ đồng và chỉ định đơn vị trúng thầu trong cùng một quyết định là sai quy định. Ở dự án “Cảng Sài Gòn - Hiệp Phước”, Công ty TNHH một thành viên Cảng Sài Gòn sử dụng 499 tỉ đồng vốn ngân sách nhà nước để mua trang thiết bị là chưa đúng mục đích vì đây là khoản tiền hỗ trợ di dời cảng.