Cơ quan điều tra đề nghị Viện KSND thành phố truy tố 5 bị can : Nguyễn Minh Dũng 33 tuổi, nguyên phụ trách kinh doanh của Trung tâm nghiên cứu ứng dụng công nghệ môi trường chi nhánh phía Nam ( TTNC); Lê Huy 67 tuổi, Giám đốc TTNC; Mai Ngọc Ngà 29 tuổi, Chủ tịch HĐQT kiêm giám đốc Công ty TNHH Hoàng Giang; Nguyễn Phan Cát Tường 32 tuổi, Giám đốc Công ty TNHH Tường Minh; Trần Thị Nam Sang 39 tuổi, Giám đốc Công ty TNHH Tất Cô.

Theo kết luận điều tra: đây là vụ án đặc biệt nghiêm trọng, số tiền thuế của Nhà nước bị thất thoát rất lớn, mà kẻ chủ mưu là Nguyễn Minh Dũng. Từ năm 2001, với mục đích thu lợi bất chính, nên mặc dù 4 công ty Tất Cô, Hoàng Giang, Tường Minh, TTNC không có hàng hóa và kinh doanh, nhưng Nguyễn Minh Dũng, Lê Huy, Trần Thị Nam Sang, Mai Ngọc Ngà đã thành lập nhiều doanh nghiệp, mua hóa đơn của Cục Thuế TP HCM để bán, gồm 841 hóa đơn cho những doanh nghiệp có nhu cầu khấu trừ thuế, sau đó những cá nhân này còn mua hóa đơn chứng từ các doanh nghiệp khác để hợp thức hóa chứng từ đầu vào.

Riêng Nguyễn Minh Dũng, Lê Huy đã xuất bán 499 hóa đơn của TTNC, để 148 doanh nghiệp trên địa bàn TP HCM và các tỉnh được khấu trừ thuế, làm Nhà nước thất thu thuế hơn 2,7 tỷ đồng. Nguyễn Phan Cát Tường đã bán hóa đơn cho 31 doanh nghiệp, gây thất thu hơn 414 triệu tiền thuế giá trị gia tăng.

Trần Thị Nam Sang đã ký vào 249 hóa đơn có doanh số hàng hóa giả tạo hơn 10,3 tỷ đồng, bán cho 141 doanh nghiệp trên địa bàn TP HCM và các tỉnh, tạo điều kiện cho các doanh nghiệp này dùng các hóa đơn trên để khấu trừ một số lượng lớn tiền thuế. Mai Ngọc Ngà đã bán hóa đơn giả tạo trị giá hơn 8,6 tỷ đồng cho 19 doanh nghiệp.

Cơ quan điều tra đã xác minh được 112 doanh nghiệp sử dụng hóa đơn của 4 công ty Tất Cô, Hoàng Giang, Tường Minh, TTNC. Còn 215 doanh nghiệp khác có mua bán hóa đơn với 4 đơn vị này, trong đó, một số đã trốn khỏi địa chỉ kinh doanh, số khác Cục Thuế thành phố chưa cung cấp kết quả xác minh.