UBND các quận, huyện sẽ phối hợp với chủ đầu tư của từng dự án để xác định tình hình thanh quyết toán, tổng số tiền đã chuyển cho Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường và số tiền đã chi trả cho người bị thu hồi đất.

Riêng đối với số tiền đã xác định và chi trả cho người bị thu hồi đất, nhưng người bị thu hồi đất chưa đồng ý nhận tiền hoặc đang có tranh chấp và đang gửi tại ngân hàng thì tiếp tục gửi tại ngân hàng và Chủ tịch UBND quận, huyện thường xuyên kiểm tra, đối chiếu định kỳ số tiền bồi thường chưa chi trả này; thực hiện ngay việc xác định và phê duyệt chi phí bồi thường, hỗ trợ và chi trả cho từng người bị thu hồi đất nếu chưa thực hiện. 

Trường hợp người bị thu hồi đất không nhận tiền bồi thường, hỗ trợ hoặc đang có tranh chấp, khiếu nại, tố cáo thì UBND quận, huyện phải xác định rõ nguyên nhân thuộc trách nhiệm của cơ quan nhà nước hay của người bị thu hồi đất; chỉ đạo Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường phối hợp với chủ đầu tư dự án chuyển toàn bộ số tiền bồi thường, hỗ trợ và tiền lãi phát sinh (nếu có) về tài khoản tiền gửi của chủ đầu tư mở tại Kho bạc Nhà nước, để thuận tiện cho việc kiểm soát thanh toán và thu hồi tạm ứng. Sau khi người bị thu hồi đất đồng ý nhận tiền bồi thường, hỗ trợ, Kho bạc Nhà nước giải ngân kinh phí cho chủ đầu tư dự án, thực hiện chi trả cho người bị thu hồi đất.

Đối với các trường hợp thuộc dự án sử dụng nguồn vốn ngân sách Nhà nước thực hiện theo Điều 49 Quyết định số 23/2015/QĐ-UBND, thì tiền bồi thường, hỗ trợ được chuyển vào Kho bạc Nhà nước chờ sau khi cơ quan nhà nước có thẩm quyền giải quyết xong thì trả cho người có quyền sử dụng đất. Các trường hợp không thuộc quy định tại Điều 49 thì thực hiện theo khoản 6 Điều 8 Thông tư số 08/2016/TT-BTC ngày 18/1/ 2016 của Bộ Tài chính.

Đối với các dự án sử dụng nguồn vốn không thuộc ngân sách nhà nước, trường hợp UBND quận, huyện đã xác định, phê duyệt chi phí bồi thường, hỗ trợ và cưỡng chế người bị thu hồi đất nhưng người dân chưa nhận tiền, Chủ tịch UBND quận, huyện chỉ đạo Tổ chức làm nhiệm vụ bồi thường phối hợp với chủ đầu tư của dự án mở tài khoản tiền gửi đảm bảo thanh toán tại ngân hàng thương mại cho người bị thu hồi đất.

Trường hợp UBND quận, huyện đã xác định và phê duyệt chi phí bồi thường, hỗ trợ cho từng người bị thu hồi đất, nhưng người bị thu hồi đất chưa đồng ý nhận tiền và chưa bàn giao mặt bằng thì giao chủ đầu tư của dự án quản lý nguồn kinh phí bồi thường, hỗ trợ của dự án và thực hiện chi trả cho người bị thu hồi đất.