Theo đó, ông Khanh cho hay sau khi bệnh viện cùng với nhà thầu xây dựng, tư vấn giám sát kiểm tra thực tế thì có một số hạng mục chưa thực hiện đúng theo hồ sơ thiết kế, hồ sơ quyết toán, một số hạng mục chưa thực hiện và một số hạng mục phát sinh ngoài thiết kế. Cụ thể, hạng mục đá granite quyết toán gần 46m² nhưng đo thực tế chỉ có hơn 13m². Lắp đặt cửa chống côn trùng quyết toán trên 214m² nhưng thực tế chỉ có 32m². Tương tự, các hạng mục đèn, quạt, máy bơm, bể nước... được quyết toán nhưng kiểm tra vẫn chưa có.

Theo đề xuất của ông Bùi Thế Khanh, một số hạng mục của dự án chưa thực hiện hoặc thực hiện chưa đầy đủ theo thiết kế thì nhà thầu sẽ có trách nhiệm bổ sung. Đối với một số hạng mục chưa thực hiện hoặc các hạng mục do bệnh viện tự thực hiện, nhà thầu sẽ hoàn trả tiền cho ngân sách nhà nước. Cũng theo ông Khanh, bệnh viện sẽ họp các bên liên quan để làm rõ trách nhiệm của từng cá nhân, tập thể để các cơ quan chức năng xem xét giải quyết.

Như Tuổi Trẻ thông tin, tháng 7-2013 một nhóm người ở bệnh viện làm đơn tố cáo ông Bùi Thế Khanh có biểu hiện tiêu cực khi làm chủ đầu tư dự án xây dựng cơ bản ở bệnh viện. Nội dung tố cáo cho rằng trong dự án đầu tư nâng cấp bệnh viện (chỉ riêng hạng mục khoa dinh dưỡng được Bộ Y tế duyệt trên 5,1 tỉ đồng) có rất nhiều hạng mục bị thanh toán khống khối lượng, nâng khối lượng lên không đúng thực tế hoặc thay đổi chủng loại vật tư để tham nhũng trên 500 triệu đồng.