Để triển khai ứng dụng công nghệ thông tin bao phủ toàn quốc, hạ tầng chung của ngành y tế còn nhiều yếu kém: chưa có trung tâm dữ liệu y tế quốc gia, chưa có hệ thống đường truyền kết nối ngành y tế, chưa có dịch vụ kèm theo như hệ thống quản lý chữ ký số dùng trong y tế, chưa quản lý định danh từng cơ sở khám chữa bệnh… 

Báo cáo của Bộ Y tế tại cuộc họp trực tuyến với các các tỉnh thành về kết quả thực hiện tin học hóa trong quản lý khám, chữa bệnh và thanh toán bảo hiểm y tế 2016, được Bộ Y tế, Bảo hiểm xã hội VN tổ chức ngày 29-12 tại Hà Nội.

Theo kế hoạch của Bộ Y tế và Bảo hiểm xã hội VN, việc mới có trên 50% bệnh viện tuyến một kết nối và gửi dữ liệu như kể trên là còn chậm, mục tiêu trước đây là đảm bảo các bệnh viện hoàn tất kết nối, cung cấp cơ sở dữ liệu về khám chữa bệnh và thanh toán bảo hiểm y tế trước khi kết thúc năm 2016.

Việc kết nối thông tin cũng nhằm giải quyết tình trạng lạm dụng chi phí y tế hoặc kê đơn thuốc, chỉ định dịch vụ quá mức cần thiết. Tuy nhiên theo thông tin từ các bệnh viện, bệnh viện gửi nhiều thông tin nhưng cổng dữ liệu không nhận, do danh mục của bệnh viện và bảo hiểm không trùng khớp, quy định ghi tên thuốc không thống nhất giữa tên thuốc trúng thầu và phần mềm bảo hiểm…