Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ thuộc tỉnh Quảng Trị, có diện tích 4.532 ha, chia thành 3 phân khu: bảo vệ nghiêm ngặt, phục hồi sinh thái và phát triển. 

Kết quả nghiên cứu cho thấy, khu bảo tồn này có khoảng 224 loài cá trong tổng số 960 loài cá phân bố ở vùng vịnh Bắc Bộ, trong đó có 49 loài có giá trị kinh tế cao. Ngoài ra còn có 113 loài san hô cứng, 56 loài rong biển, 46 loài động vật đáy, 20 loài giáp xác, 87 loài cá rạn san hô, 164 loài thực vật phù du, 68 loài động vật phù du và các loài quý hiếm như cá heo, rùa biển. 

Đặc biệt, Cồn Cỏ có một số loài hải sản quý hiếm đang đối diện với nguy cơ tuyệt chủng như hải sâm mít, cầu gai đá nhum đỏ, cá đuối, cá nàng đào đỏ, cá cháo biển, cá mú sọc trắng, cá mú vân sáng, mực nang vân hổ, tôm hùm đá, ốc đụn… Đây còn là khu vực tập trung các bãi đẻ của nhiều loài có giá trị kinh tế cao và đặc hữu của vùng biển Trung Bộ. 

Rạn san hô của khu bảo tồn được đánh giá còn tốt, chỉ sau Phú Quốc, Côn Đảo, Hòn Mun và Cù lao Chàm. Song các rạn san hô đang có chiều hướng suy giảm do bị khai thác quá mức, ô nhiễm môi trường biển và tác động của biến đổi khí hậu, vì vậy, việc tăng cường bảo tồn biển để duy trì những rạn san hô cũng như nguồn lợi thủy sản là một yêu cầu cấp thiết. 

Ban Quản lý Khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ cho biết đã khảo sát lắp đặt hệ thống phao đánh dấu phân vùng bảo vệ nghiêm ngặt của khu bảo tồn biển đảo Cồn Cỏ, tạo điều kiện thuận lợi cho công tác bảo vệ môi trường và quản lý tài nguyên biển đảo. 

Bên cạnh đó, ban quản lý cũng phối hợp với các đơn vị triển khai các đề tài khoa học, nghiên cứu, thử nghiệm nuôi cấy san hô, phục hồi nguồn lợi biển trong khu bảo tồn biển đảo như: đề tài điều tra đánh giá nguồn lợi và đa dạng sinh học Cồn Cỏ, nghiên cứu hệ sinh thái biển đảo Cồn Cỏ, ứng dụng đa dạng sinh học khoa học kỹ thuật nuôi cấy san hô, nghiên cứu về giá trị môi trường và sinh thái tại đảo Cồn Cỏ…

Hàng năm, ban quản lý phối hợp với Tổ chức Bảo tồn thiên nhiên quốc tế (IUCN) trong việc triển khai chương trình “Bảo tồn, cứu hộ rùa biển” nhằm ngăn chặn nạn đánh bắt, mua bán rùa biển, đồng thời cứu hộ kịp thời rùa; điều tra thu thập mẫu vật, phân loại các loài sinh vật, xây dựng bộ cơ sở dữ liệu về đa dạng sinh học của khu bảo tồn. 

Thời gian tới, ban quản lý khu bảo tồn sẽ thiết lập chương trình quan trắc tài nguyên và môi trường, định kỳ giám sát rạn san hô và thảm cỏ biển hàng năm để theo dõi biến động của chúng. 

Triển khai mô hình đồng quản lý tài nguyên có sự tham gia của người dân, cũng như tăng cường giáo dục, nâng cao ý thức cho người dân bên trong và xung quanh khu bảo tồn thông qua các lớp tập huấn; in ấn phẩm, áp phích, tờ rơi, lồng ghép vào chương trình giáo dục nội dung về bảo vệ nguồn tài nguyên biển...