Ngoài án phạt trên, CLB XMXT Sài Gòn còn bị đánh rớt xuống hạng ba từ mùa giải 2014, bị phạt 100 triệu đồng. 

Liên quan đến trường hợp tiền đạo Huỳnh Kesley kiện CLB XMXT Sài Gòn vẫn còn nợ tiền lương và không chi trả tiền hỗ trợ thuê xa và nhà đúng như thoả thuận, ban kỷ luật đã phạt CLB XMXT Sài Gòn 5 triệu đồng và yêu cầu phải giải quyết hợp đồng đã kí với Huỳnh Kesley trong vòng 7 ngày. Nếu sau thời hạn này mà CLB XMXT Sài Gòn không thực hiện, ban kỷ luật sẽ ra án phạt nặng hơn. Trong đó không loại trừ trường hợp phong toả tài khoản, trừ điểm đội bóng,…

Trước đó, đội XMXT Sài Gòn đã tuyên bố bỏ Giải V-League. Công văn bỏ giải đấu do chủ tịch CLB Nguyễn Xuân Thủy ký nêu rõ: “Chúng tôi thấy việc làm của ban kỷ luật là không công tâm, thiếu công khai minh bạch, không vì sự phát triển của bóng đá VN, khiến ban huấn luyện và các cầu thủ cảm thấy hụt hẫng, thất vọng. Nhà tài trợ đã đầu tư nhiều tiền của, công sức vào đội bóng với mong muốn được đóng góp một phần cho bóng đá nước nhà. Tuy nhiên, VFF và VPF (Công ty cổ phần Bóng đá chuyên nghiệp VN - PV) đã không mang đến một sân chơi công bằng cho các đội bóng, làm ảnh hưởng đến uy tín, hình ảnh của nhà tài trợ. Vì lý do này, sau khi bàn bạc, nhà tài trợ đã thông báo dừng đầu tư cho CLB, buộc CLB phải dừng thi đấu tại Giải V-League Eximbank 2013”.

Vì XMXT Sài Gòn rút lui nên đội Kienlong Bank Kiên Giang đã trụ hạng. Trong khi đó, đội Hà Nội T&T đã có cơ hội vô địch V-League 2013 sớm một vòng đấu.