Theo hồ sơ vụ án, vào năm 2018, ông Nguyễn Hoài Nam là phóng viên một tờ báo tại TP.HCM. Trong thời gian làm việc tại cơ quan này, ông Nam đã viết bài điều tra về những sai phạm tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.

Sau khi bài viết được đăng, ông Nam đến Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an làm việc và cung cấp các tài liệu, dữ liệu điện tử và tài liệu khác cho cơ quan này.

Đầu tháng 10-2018, ông Trần Văn Vệ - lúc đó là chánh văn phòng, phó thủ trưởng thường trực Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an - được phân công chỉ đạo, điều tra vụ án lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ xảy ra tại Cục Đường thủy nội địa Việt Nam.

Từ các tài liệu, chứng cứ thu thập được, cơ quan chức năng đã khởi tố, truy tố ông Phạm Văn Thông - giám đốc Ban quản lý dự án, ông Vũ Mạnh Hùng - trưởng phòng kế hoạch đầu tư Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, và ông Trần Đức Hải - phó cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam thuộc Bộ Giao thông vận tải về tội lợi dụng chức vụ, quyền hạn trong khi thi hành công vụ.

Còn 14 người đưa hối lộ cho Phạm Văn Thông, cơ quan chức năng cho rằng có dấu hiệu của tội đưa hối lộ, nhưng bản thân họ chính là nạn nhân của tệ nạn tham nhũng trong xã hội hiện nay. Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an không đặt vấn đề xử lý hình sự với 14 cá nhân này.

Hành vi của ông Hoàng Hồng Giang - cục trưởng Cục Đường thủy nội địa Việt Nam - không đủ yếu tố cấu thành tội phạm. Nhưng ông Giang có dấu hiệu thiếu trách nhiệm trong quản lý để xảy ra tham nhũng, tiêu cực nên Bộ Công an đề nghị Bộ Giao thông vận tải xử lý nghiêm về Đảng và chính quyền theo quy định.

Sau khi cơ quan điều tra kết luận điều tra vụ án đến khi bản án có hiệu lực pháp luật, ông Nguyễn Hoài Nam liên tiếp có đơn gửi các cơ quan chức năng và đăng tải trên tài khoản trang mạng Facebook cá nhân tố cáo trung tướng Trần Văn Vệ và một số điều tra viên thuộc Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an có hành vi bao che, bỏ lọt tội phạm đối với ông Hoàng Hồng Giang và 14 người trên.

Bộ Công an và Viện KSND tối cao kết luận tố cáo của ông Nam là sai. Nhưng ông Nam vẫn tiếp tục có đơn thư, đăng tải các bài viết tố cáo ông Trần Văn Vệ và các điều tra viên thụ lý vụ án.

Các bài viết trên có nhiều bình luận và chia sẻ với những từ ngữ thô tục, thiếu văn hóa, xúc phạm uy tín, danh dự, nhân phẩm của cá nhân ông Trần Văn Vệ cũng như uy tín của các cơ quan bảo vệ pháp luật.

Tháng 12-2020, ông Trần Văn Vệ và ông Trần Văn Quân (điều tra viên thuộc Cục C01) có đơn tố giác về tội phạm gửi Cơ quan cảnh sát điều tra Bộ Công an tố cáo ông Nguyễn Hoài Nam.