Cụ thể, trường đã không phản ảnh số chi 16 triệu đồng từ nguồn trích phần trăm hoa hồng bảo hiểm y tế học sinh và số chi 199 triệu đồng từ nguồn thu dạy thêm.

Chi hoạt động thường xuyên không đúng nguồn kinh phí và không quy định trong quy chế chi tiêu nội bộ, như lấy tiền giữ xe đạp hỗ trợ cho nhân viên hành chính 15 triệu đồng; khen thưởng cán bộ và giáo viên từ nguồn kinh phí hoạt động thường xuyên 12 triệu đồng; lấy từ tiền trích 15% phí thu dạy thêm để lại bổ sung cơ sở vật chất nhà trường hỗ trợ cho tổ hành chính 29 triệu đồng.

Tiền ngân sách đã cấp bù cho miễn, giảm học phí vượt so với thực tế hơn 26 triệu đồng nhưng trường không hoàn trả Nhà nước. 

Trường đã trích không đúng tỉ lệ quy định theo quy chế chi tiêu nội bộ dẫn đến số chi cao hơn, cụ thể năm 2013 quỹ khen thưởng và phúc lợi cao hơn 38 triệu đồng, năm 2014 quỹ khen thưởng tăng thêm 30 triệu đồng và quỹ phúc lợi tăng thêm 105 triệu đồng. Năm 2014 trường chưa thực hiện việc kê khai và nộp thuế.

Thanh tra Sở Tài chính đã yêu cầu Trường THPT Đào Duy Từ chấm dứt tình trạng không hạch toán phản ảnh các khoản thu chi phát sinh tại trường. Chấm dứt chi hỗ trợ tổ hành chính trong số 15% tiền thu dạy thêm và học thêm được để lại. Buộc trường trả lại ngân sách nhà nước số tiền 26 triệu đồng do ngân sách cấp thừa cho miễn, giảm học phí và hoàn trả kinh phí tăng cường bổ sung cơ sở vật chất 29 triệu đồng do đã chi cho tổ hành chính từ nguồn 15% dạy thêm để lại cho trường. Đồng thời kiến nghị Trường THPT Đào Duy Từ tổ chức kiểm điểm nghiêm túc các khuyết điểm trong quản lý, điều hành và sử dụng các nguồn kinh phí.