Cụ thể, về mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, Nghị định quy định mức thu đối với tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư trên 10 tỷ đồng là 3 triệu đồng/năm; đối với tổ chức có vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư từ 10 tỷ trở xuống là 2 triệu đồng/năm; đối với chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh, đơn vị sự nghiệp, tổ chức kinh tế khác là 1 triệu đồng/năm.

Mức thu lệ phí môn bài đối với tổ chức quy định trên căn cứ vào vốn điều lệ ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh; trường hợp không có vốn điều lệ thì căn cứ vào vốn đầu tư ghi trong giấy chứng nhận đăng ký đầu tư.

Nghị định quy định rõ, khi các tổ chức này có thay đổi vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài. Trường hợp vốn điều lệ hoặc vốn đầu tư được ghi trong giấy chứng nhận đăng ký kinh doanh hoặc giấy chứng nhận đăng ký đầu tư bằng ngoại tệ thì quy đổi ra tiền đồng Việt Nam để làm căn cứ xác định mức lệ phí môn bài theo tỷ giá mua vào của ngân hàng thương mại, tổ chức tín dụng nơi người nộp lệ phí môn bài mở tài khoản tại thời điểm người nộp phí môn bài nộp tiền vào ngân sách nhà nước.

Về mức thu lệ phí môn bài đối với cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh hàng hóa, dịch vụ, Nghị định quy định, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 500 triệu đồng/năm thì mức thu là 1.000.000 đồng/năm; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 300 đến 500 triệu đồng/năm mức thu là 500.000 đồng/năm; cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình có doanh thu trên 100 đến 300 triệu đồng/năm mức thu là 300.000 đồng/năm. Các cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình này có thay đổi doanh thu thì căn cứ để xác định mức thu lệ phí môn bài là doanh thu của năm trước liền kề năm tính lệ phí môn bài.

Nghị định quy định tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh hoặc mới thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian của 6 tháng đầu năm thì nộp mức lệ phí môn bài cả năm; nếu thành lập, được cấp đăng ký thuế và mã số thuế, mã số doanh nghiệp trong thời gian 6 tháng cuối năm thì nộp 50% mức lệ phí môn bài cả năm.

Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất, kinh doanh nhưng không kê khai lệ phí môn bài thì phải nộp mức lệ phí môn bài cả năm, không phân biệt thời điểm phát hiện là của 6 tháng đầu năm hay 6 tháng cuối năm.

Nghị định cũng quy định 7 trường hợp được miễn lệ phí môn bài, gồm:

1. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh có doanh thu hàng năm từ 100 triệu đồng trở xuống.

2. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình hoạt động sản xuất, kinh doanh không thường xuyên; không có địa điểm cố định theo hướng dẫn của Bộ Tài chính.

3. Cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình sản xuất muối.

4. Tổ chức, cá nhân, nhóm cá nhân, hộ gia đình nuôi trồng, đánh bắt thủy, hải sản và dịch vụ hậu cần nghề cá.

5. Điểm bưu điện văn hóa xã; cơ quan báo chí (báo in, báo nói, báo hình, báo điện tử).

6. Chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã hoạt động dịch vụ kỹ thuật trực tiếp phục vụ sản xuất nông nghiệp.

7. Quỹ tín dụng nhân dân xã; hợp tác xã chuyên kinh doanh dịch vụ phục vụ sản xuất nông nghiệp; chi nhánh, văn phòng đại diện, địa điểm kinh doanh của hợp tác xã và của doanh nghiệp tư nhân kinh doanh tại địa bàn miền núi. Địa bàn miền núi được xác định theo quy định của Ủy ban dân tộc.

Lệ phí môn bài thu được phải nộp 100% vào ngân sách nhà nước theo quy định của pháp luật.

Quy định trên có hiệu lực thi hành từ ngày 1-1-2017.