Về nguyên nhân, phần lớn trường hợp ba mẹ là nông dân, trình độ dân trí thấp nên ảnh hưởng nhiều đến nhận thức về gìn giữ sức khỏe, chế độ dinh dưỡng hợp lý, tự ý dùng thuốc không hỏi ý kiến của thầy thuốc trong thời gian mang thai. Bên cạnh đó còn do di truyền, đột biến gen, cha mẹ bị nhiễm hóa chất độc hại. Ngoài ra có thể do khi người mẹ mang thai bị stress, hoặc nhiễm một số bệnh như cúm, sởi… ảnh hưởng đến sự phát triển thai nhi.

Thường những trẻ bị tật khe hở môi- vòm miệng khó hòa nhập với các trẻ bình thường khác cùng lứa. Còn đa số bà mẹ thấy mặc cảm với những người xung quanh. Vấn đề nuôi dưỡng đứa trẻ cũng gặp nhiều khó khăn do trẻ không bú được nên thường suy dinh dưỡng, trẻ có chỉ số phát triển chiều cao, cân nặng không đạt. Trẻ mắc khe hở môi - vòm miệng thường mắc bệnh nhiễm khuẩn tai mũi họng, viêm tai giữa...

Việc điều trị trẻ mắc dị tật không đơn giản là phẫu thuật mà là một quá trình điều trị lâu dài, chi phí cao, đôi khi vượt quá khả năng của gia đình. Do vậy cần có sự quan tâm rất lớn của ngành y tế và nhiều tổ chức xã hội trong và ngoài nước.

Cách tốt nhất để phòng tránh dị tật này là các bà mẹ khi mang thai cần giữ gìn sức khỏe, chế độ dinh dưỡng và nghỉ ngơi hợp lý, tránh stress, tránh nhiễm cảm cúm cũng như không tiếp xúc với những hóa chất độc hại, môi trường ô nhiễm. Việc bổ sung trong chế độ của bà mẹ mang thai nhiều rau cải, chất xơ, acid ascorbic, sắt và magnesium có thể giảm nguy cơ hình thành khe hở môi - vòm miệng. Thai phụ cần đi khám định kỳ, tránh tự ý sử dụng thuốc ngoại trừ có sự đồng ý của bác sĩ, đặc biệt trong ba tháng đầu vì đây là giai đoạn ráp nối các cấu trúc vùng hàm mặt.