Theo bộ này, ngành đường sắt đang được nhà nước giao cho sử dụng khối hạ tầng hơn 3.000km đường sắt, 287 nhà ga... với tổng quỹ đất khoảng 6.000 ha. Tuy nhiên, năng lực vận tải hiện đạt rất thấp, chỉ khoảng 4,5% tổng lượng vận tải hành khách và khoảng 1,8% tổng lượng vận tải hàng hóa.

Năng lực và hiệu quả khai thác hạ tầng đường sắt cũng chỉ khoảng 350 tỉ đồng/năm.

Mặc dù vậy, có một nghịch lý diễn ra từ nhiều năm nay là mỗi năm, ngân sách nhà nước vẫn phải cấp cho ngành đường sắt khoảng 1.200 tỉ đồng để thực hiện bảo trì.

Bên cạnh đó, nhà nước vẫn bao cấp về đất cho ngành đường sắt, dù đất sử dụng cho mục đích kinh doanh cũng không thu tiền. Điều này chưa hợp lý theo cơ chế thị trường, làm triệt tiêu năng lực cạnh tranh của doanh nghiệp vận tải đồng thời làm tăng gánh nặng cho ngân sách nhà nước.

Để khắc phục những hạn chế trên, Bộ Tài chính đề nghị hoạt động kinh doanh tài sản kết cấu hạ tầng đường sắt phải theo cơ chế thị trường và từng bước tính đúng, tính đủ chi phí. Do đó, nhà nước cần phải có cơ chế giao đất rõ ràng.

Quỹ đất được sử dụng vào mục đích sản xuất kinh doanh thì doanh nghiệp phải trả tiền thuê đất. Còn quỹ đất gắn với công trình kết cấu hạ tầng đường sắt liên quan đến chạy tàu thì không thu tiền sử dụng đất.