Phòng quản lý vận tải, phương tiện và người lái và Phòng quản lý kết cấu hạ tầng là hai tập thể phải kiểm điểm. Ông Trần Văn Thành, phó chánh thanh tra; ông Nguyễn Thành Trung, phó trưởng phòng quản lý vận tải, phương tiện và người lái và ông Nguyễn Văn Ngợi, phó phòng an toàn giao thông nhận hình thức kiểm điểm rút kinh nghiệm. Ngoài ra, ông Lê Tấn Học, nguyên giám đốc Sở và ông Đinh Văn Thảo, nguyên phó giám đốc Sở, Sở GTVT TP Cần Thơ sẽ có văn bản kiến nghị xem xét trách nhiệm.

Theo kết luận thanh tra của Bộ GTVT liên quan đến hoạt động bến xe khách Cần Thơ của Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ, trong năm 2013-2014, Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ thu giá dịch vụ xe ra vào bến hai lần đối với những xe có điểm đầu hoặc cuối tại bến xe Hùng Vương và bến xe 91B.

Công ty cũng thu giá dịch vụ cho thuê nơi đậu xe qua đêm cao hơn mức giá UBND TP Cần Thơ qui định. Cụ thể thành phố qui định thu 16.000- 20.000 đồng, công ty thu 35.000- 45.000 đồng hay thu 40.000 đồng- 45.000 đồng/xe/đêm. Ngoài ra, Công ty cổ phần bến xe tàu phà Cần Thơ còn thu giá dịch vụ lên xuống hàng hóa, dịch vụ an ninh…chưa phù hợp. Bộ GTVT cũng nhận định việc gộp hai bến xe Hùng Vương và bến xe 91B thành một bến để công bố bến xe loại 1 là không phù hợp.