100% mẫu phân tích kiểm tra đều đạt tiêu chuẩn và không bị phát hiện độc tố sinh học. Các lô hàng nhuyễn thể 2 mảnh vỏ xuất khẩu sang thị trường EU đều đạt yêu cầu. Bên cạnh đó, NAFIQAVED còn thực hiện khá tốt nhiều việc kiểm soát khác như việc đưa tạp chất trong nguyên liệu thuỷ sản, trong nhập khẩu giống thủy sản, kiểm dịch thủy sản và cấp chứng chỉ, kiểm soát hoạt động của những người hành nghề thú y thủy sản.

Việt Nam hiện đã được EU công nhận trong danh sách nhóm I các nước được phép xuất khẩu nhuyễn thể 2 mảnh vỏ vào thị trường này với 18 vùng thu hoạch nhuyễn thể 2 mảnh vỏ có tổng diện tích 33.885 ha đạt sản lượng 141.950 tấn. Từ năm 2000 đến nay, ở Việt Nam không có trường hợp ngộ độc nào từ nhuyễn thể 2 mảnh vỏ.

Để nâng cao hiệu quả công tác kiểm dịch thủy sản, năm 2006, bên cạnh việc hình thành hệ thống phòng kiểm nghiệm, xét nghhiệm chất lượng thức ăn, thuốc, sản phẩm xử lý môi trường nuôi thủy sản và thủy sản làm giống tại các Chi Cục vùng, một trong những nhiệm vụ trọng tâm của Nafiqaved là hướng dẫn để các Chi Cục này nâng cấp năng lực, đặc biệt là chuẩn hóa phương pháp kiểm nghiệm, xét nghiệm và xây dựng, áp dụng hệ thống quản lý tiêu chuẩn, tiến tới xin công nhận đạt tiêu chuẩn quốc tế ISO 17025.