Đối tượng chịu phí qua phà bao gồm người đi bộ, phương tiện giao thông thô sơ đường bộ, phương tiện giao thông cơ giới đường bộ và các loại xe tương tự.

Điều kiện áp dụng thu phí qua phà là các bến phà phải có quyết định thành lập, hoạt động bến phà và quyết định thu phí của cơ quan Nhà nước có thẩm quyền. Mức thu cụ thể cho từng bến phà do Bộ Tài chính quyết định (đối với bến phà thuộc Trung ương quản lý) hoặc Hội đồng Nhân dân cấp tỉnh quyết định (đối với bến phà thuộc địa phương quản lý).

Phí qua phà là khoản thu của ngân sách dùng để trang trải cho công tác tổ chức đưa đón người và phương tiện qua sông. Trường hợp số thu không đủ chi theo dự toán chi được duyệt thì được Quỹ bảo trì đường bộ cấp bù số thiếu trong năm ngân sách để đảm bảo hoạt động của bến phà. Cụ thể, Quỹ bảo trì đường bộ Trung ương cấp bù đối với bến phà do Trung ương quản lý; Quỹ bảo trì đường bộ địa phương cấp bù đối với bến phà do địa phương quản lý.

Trường hợp địa phương chưa lập Quỹ bảo trì đường bộ thì ngân sách Nhà nước sẽ cấp bù số thiếu, từ nguồn thu phí sử dụng đường bộ theo đầu phương tiện. Nếu số thu cao hơn dự toán chi được duyệt, số chênh lệch phải nộp vào ngân sách Nhà nước.

Để đảm bảo việc sử dụng phí qua phà đúng mục đích, có hiệu quả, Bộ Giao thông vận tải, Hội đồng quản lý Quỹ trung ương, Hội đồng quản lý Quỹ địa phương, Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Sở Giao thông Vận tải có trách nhiệm phối hợp với cơ quan tài chính cùng cấp kiểm tra định kỳ, đột xuất tình hình, quản lý, sử dụng, thanh quyết toán nguồn phí qua phà tại các đơn vị trực thuộc.

Thông tư này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 25-2-2013.