Theo đó, bị cáo Bùi Tiến Dũng (đang chịu mức án 16 năm tù từ hai vụ án trước) tiếp tục bị xét xử về tội tham ô tài sản cùng bảy thuộc cấp gồm Nguyễn Vũ Nam, Nghiêm Phú Sơn (nguyên trưởng và phó phòng PID6, PMU18), Nguyễn Công Dũng (chuyên viên phòng PID6), Lê Minh Giang (nguyên phó phòng PID5), Nguyễn Hữu Minh (nguyên giám đốc điều hành gói thầu BC1 dự án cầu Bãi Cháy), Nguyễn Hữu Long (nguyên giám đốc điều hành gói thầu BC3), Trần Đức Hùng (nguyên chánh văn phòng tư vấn dự án cầu Bãi Cháy). Riêng bị cáo Đỗ Kim Quý (nguyên phó tổng giám đốc PMU18) bị xét xử về tội “tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”.

Theo cáo trạng của Viện KSND tối cao, dự án cầu Bãi Cháy được chia làm ba gói thầu do PMU18 làm đại diện chủ đầu tư. Tại mỗi gói thầu đều quy định cụ thể số nhân viên tư vấn bổ sung được sử dụng, trong đó gói thầu BC1 là 14 nhân viên, gói BC2 là 21 và BC3 là 14 nhân viên.

Theo các điều khoản thực hiện, PMU18 không có chức năng cung cấp nhân viên tư vấn bổ sung cho nhà thầu nhưng Bùi Tiến Dũng và Phạm Tiến Dũng (nguyên trưởng phòng PID6, bị can trong vụ án đã chết) vẫn tiến hành lập danh sách khống các nhân viên tư vấn để lấy tiền lương chia nhau.

Tại gói thầu BC1 và BC3, Phạm Tiến Dũng (sau khi báo cáo Bùi Tiến Dũng) đã cùng Nguyễn Vũ Nam thỏa thuận với Nguyễn Hữu Minh lập khống danh sách các nhân viên tư vấn bổ sung. Từ tháng 8-2003 đến tháng 2-2007, các bị can đã lấy tiền lương của 26 nhân viên tư vấn khống tại dự án xây dựng cầu Bãi Cháy với số tiền hơn 3,4 tỉ đồng.

Riêng đối với ông Đỗ Kim Quý, vào tháng 5-2005 nghỉ hưu và Bùi Tiến Dũng chỉ đạo Phạm Tiến Dũng chi 500 triệu đồng cho ông Quý gọi là quà chia tay. Sau đó, Phạm Tiến Dũng lấy tiền tham ô từ các khoản lương khống để chi cho ông Quý. Viện KSND tối cao truy tố ông Đỗ Kim Quý về hành vi “tiêu thụ tài sản do người khác phạm tội mà có”.