Theo đó, bệnh viện phải chấp hành đúng kết luận của Thanh tra TP; tổ chức kiểm điểm, rút kinh nghiệm các tồn tại, sai sót trong việc hạch toán doanh thu hoạt động sản xuất kinh doanh, dịch vụ tại bệnh viện, các khoản nhận hỗ trợ, chi thanh toán ngoài giờ, chi tăng thu nhập cho người lao động; việc trích khấu hao tài sản cố định; trích lập, sử dụng các quỹ; công tác lập báo cáo tài chính; lưu trữ hóa đơn, chứng từ; công tác mua sắm thuốc, dịch truyền, hóa chất, vật tư y tế tiêu hao.

UBND TP cũng yêu cầu Sở Y tế chỉ đạo bệnh viện này chấn chỉnh lại hoạt động nhà thuốc; chấn chỉnh việc mua sắm trang thiết bị y tế; thường xuyên kiểm tra, hướng dẫn bệnh viện thực hiện các quy định về quản lý tài sản, quản lý tài chính và trích lập nguồn kinh phí cải cách tiền lương theo đúng quy định nhà nước...

Kết luận của Thanh tra TP cho thấy bệnh viện chưa hạch toán đúng vào tài khoản hoạt động sản xuất - kinh doanh theo Luật kế toán; chi thanh toán ngoài giờ cho CB-CNV theo tỉ lệ phần trăm doanh thu không đúng quy định. Năm 2010, bệnh viện trích lập quỹ khen thưởng và phúc lợi vượt số tiền gần 9,7 tỉ đồng không đúng quy định; sử dụng quỹ dự phòng ổn định thu nhập không đúng mục đích với số tiền hơn 3,2 tỉ đồng; năm 2010 bệnh viện đã chủ trương thu nhập tăng thêm cho CB-CNV bằng 4,4 lần quỹ tiền lương, vượt 1,4 lần so với quy định với tổng số tiền gần 11 tỉ đồng không đúng quy định.

Năm 2011, chi trả tăng thu nhập cho CB-CNV từ nguồn thu viện phí số tiền gần 10,5 tỉ đồng là không đúng; việc thực hiện đấu thầu mua sắm thuốc, dịch truyền, hóa chất, vật tư tiêu hao còn thực hiện chưa đúng theo Luật đấu thầu; bệnh viện chuyển sang hình thức mua sắm trực tiếp nhưng không báo cáo Sở Y tế đối với một số mặt hàng thuốc không trúng thầu hoặc nhà thầu không tham dự thầu...