Theo bản án phúc thẩm, bị cáo Dương Tự Trọng (nguyên phó giám đốc Công an Hải Phòng, nguyên phó cục trưởng Cục Cảnh sát quản lý hành chính về trật tự xã hội Bộ Công an) được HĐXX chấp nhận kháng cáo, sửa một phần án sơ thẩm, giảm án từ 18 năm tù giam xuống còn 16 năm tù giam. Các bị cáo còn lại đều không được chấp nhận kháng cáo nên giữ nguyên mức án sơ thẩm.

Theo đó, các bị cáo Vũ Tiến Sơn (nguyên phó trưởng Phòng cảnh sát điều tra tội phạm về trật tự xã hội PC45, Công an Hải Phòng) y án 13 năm tù giam, Đồng Xuân Phong (nguyên cán bộ Hải quan Hải Phòng) 7 năm tù giam, Trần Văn Dũng (tức Dũng “Bắc Kạn”) 8 năm tù giam, Nguyễn Trọng Ánh (nguyên cán bộ PC45 Hải Phòng) 6 năm tù giam, Phạm Minh Tuấn (nguyên Giám đốc Xí nghiệp Bạch Đằng - Hải Phòng) 5 năm tù giam.

Tuyên đọc bản án của HĐXX, thẩm phán Hà Thị Xuyến điểm lại toàn bộ quá trình các bị cáo phạm tội, từ khi Dương Chí Dũng biết mình sẽ bị khởi tố, bắt tạm giam và thông báo cho Dương Tự Trọng để bỏ trốn cho đến khi sang Mỹ bất thành phải quay về ẩn náu tại Campuchia và bị bắt vào ngày 4-9. Theo đánh giá của HĐXX sau khi tiến hành xét hỏi, tranh tụng đã làm rõ bị cáo Dương Tự Trọng có vai trò chủ mưu, chỉ đạo các bị cáo là thuộc cấp, là bạn bè và đối tượng xã hội tổ chức đón và đưa Dương Chí Dũng đi trốn, sau đó đưa đến cửa khẩu Mộc Bài để trốn sang Campuchia, tạo điều kiện thuận lợi cho Dương Chí Dũng xuất cảnh đi Mỹ.

Sau khi Dương Chí Dũng không được nhập cảnh vào Mỹ, phải quay về ẩn náu tại Campuchia, Dương Tự Trọng đã chi 24.000 USD cho các bị cáo trong vụ án là Trần Văn Dũng và Đồng Xuân Phong mang sang Campuchia cho Dương Chí Dũng chi tiêu. Với vai trò chủ mưu, chỉ đạo, điều hành như vậy nhưng tại phiên tòa phúc thẩm, do bị cáo Trọng ăn năn hối cải, thành khẩn nhận lỗi nên HĐXX áp dụng thêm tình tiết giảm nhẹ, giảm án cho bị cáo xuống còn 16 năm tù giam.

Các bị cáo còn lại đều bị HĐXX đánh giá vai trò cụ thể trong từng giai đoạn của việc tổ chức cho Dương Chí Dũng bỏ trốn. Theo nhận định của HĐXX, tại phiên tòa sơ thẩm đã xem xét hết các tình tiết giảm nhẹ cho nhóm bị cáo này, do đó HĐXX không chấp nhận kháng cáo của các bị cáo, tuyên y án sơ thẩm.