Nhiều doanh nghiệp thắc mắc liên quan đến các quy định về hoàn thuế giá trị gia tăng khi áp dụng theo luật mới có hiệu lực từ ngày 1-7 - Ảnh: A.H.

Buổi tiếp xúc do Trung tâm Xúc tiến thương mại đầu tư TP.HCM tổ chức.

Theo bà Trâm, Công ty Thái Bình xuất khẩu 95% doanh thu, trước đây thuộc diện hoàn trước kiểm sau, nhưng từ giữa năm 2015 bất ngờ bị chuyển sang diện kiểm tra trước hoàn, dù doanh nghiệp (DN) không vi phạm về thuế hoặc có rủi ro gì.

“Khi Luật sửa đổi bổ sung Luật thuế giá trị gia tăng (GTGT)có hiệu lực tới đây, những DN có doanh thu xuất khẩu trên 95% và không có sai phạm gì về thuế thậm chí còn được khen thưởng hoàn thành tốt nghĩa vụ nộp thuế, có được hoàn trước kiểm sau hay không?” - bà Trâm đặt câu hỏi.

Trong khi đó, đại diện Công ty gỗ Đức Thành thắc mắc dự thảo nghị định hướng dẫn về Luật sửa đổi bổ sung một số điều của Luật thuế GTGT đang được đưa ra lấy ý kiến có quy định với những DN sản xuất nội địa, nếu có số thuế GTGT trong năm chưa khấu trừ hết thì DN được lựa chọn hạch toán vào chi phí.

“Cuối năm DN có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết nhưng nếu DN không lựa chọn hạch toán vào chi phí thì số thuế đó sẽ được xử lý như thế nào vì trong dự thảo không nói?” - vị này đặt câu hỏi.

Đại diện một DN kinh doanh bao bì nói khi áp dụng luật, DN sản xuất xuất khẩu không vi phạm về thuế thì được kiểm tra sau hoàn thuế, trong khi nếu DN có hoạt động thương mại thì bắt buộc phải kiểm tra trước hoàn.

“Để công bằng cho DN, nên tách ra hai phần, phần doanh thu sản xuất thì cho DN hoàn trước, phần còn lại mới bị kiểm tra trước hoàn, chứ nếu không DN chỉ cần phát sinh một chút doanh thu thương mại cũng bị đưa vào kiểm trước” - DN này đề nghị.

Trả lời các thắc mắc của Công ty Thái Bình, bà Trần Thị Lệ Nga - cục phó Cục Thuế TP - cho biết từ cuối năm 2014 đến tháng 5-2015, Bộ Tài chính ban hành nhiều văn bản liên quan đến hoàn thuế GTGT, trong đó có quy định các trường hợp DN thuộc diện rủi ro cao phải kiểm tra trước hoàn.

Sau một thời gian áp dụng, qua thông tin báo chí và một số DN phản ảnh đã gặp những vướng mắc nên ngày 25-4-2016, Bộ Tài chính ban hành công văn 5492 trong đó quy định việc phân loại hoàn thuế phải thực hiện theo luật.

Về những DN xuất khẩu có hoạt động thương mại tới đây sẽ được phân loại để hoàn thuế thế nào, bà Nga cho biết hiện nay Bộ Tài chính đang gấp rút xây dựng nghị định và thông tư hướng dẫn.

Liên quan đến thắc mắc của Công ty gỗ Đức Thành, bà Nga cho biết trong dự thảo có nói nếu DN sản xuất nội địa có số thuế GTGT đầu vào chưa khấu trừ hết trong năm thì “được lựa chọn” đưa vào chi phí.

Như vậy DN có quyền được giữ lại khấu trừ tiếp hoặc chọn đưa vào chi phí. Còn đưa vào chi phí toàn bộ hay một phần thì đang có nhiều ý kiến khác nhau.