Tháng 7-2013, một nhóm người ở bệnh viện đã làm đơn tố cáo ông Khanh có biểu hiện tiêu cực khi làm chủ đầu tư dự án xây dựng cơ bản ở bệnh viện. Kèm theo hồ sơ còn có nội dung ghi âm được cho là cuộc trò chuyện thỏa thuận nâng khống khối lượng giữa ông Khanh và đại diện nhà thầu - Công ty cổ phần xây dựng Hải Sơn (Đồng Nai).

Theo nội dung tố cáo, một số cán bộ ở bệnh viện cho rằng trong dự án đầu tư nâng cấp bệnh viện (chỉ riêng hạng mục khoa dinh dưỡng được Bộ Y tế duyệt trên 5,1 tỉ đồng), trong quá trình thi công có rất nhiều đầu mục bị thanh toán khống khối lượng, nâng khối lượng lên không đúng thực tế và thay đổi chủng loại vật tư để tham nhũng trên 500 triệu đồng. Cụ thể ở khoa dinh dưỡng, các đầu mục như: lát đá granit, lưới chống côn trùng, máy bơm nước, hệ thống thông hơi... Người tố cáo đã cung cấp tài liệu cho cơ quan điều tra và khẳng định hầu hết được thanh toán khống.

Chuyện lùm xùm ở Bệnh viện Tâm thần trung ương 2 đã kéo dài suốt ba năm qua. Tháng 8-2012, một nhóm người ở bệnh viện từng tố cáo ông Khanh vi phạm về tài chính, vi phạm đấu thầu mua sắm thiết bị và tổ chức cán bộ không đúng quy định. Sau khi thanh tra, ngày 6-6-2013, Thứ trưởng Bộ Y tế Nguyễn Viết Tiến đã nhắc nhở lãnh đạo bệnh viện về việc thẩm định kỹ khi liên kết lắp đặt máy chụp X-quang. Riêng công tác tổ chức cán bộ, Bộ Y tế kết luận giám đốc bệnh viện tự ý lập thêm ba khoa, phòng (bảo hiểm y tế, phòng khám bảo hiểm y tế, phòng khám dịch vụ) chưa có quyết định của bộ là không đúng thẩm quyền. Ngoài ra, giám đốc bệnh viện bổ nhiệm cán bộ một số trường hợp không đúng quy định. Bộ Y tế yêu cầu giám đốc Bùi Thế Khanh “phải nghiêm túc kiểm điểm, rút kinh nghiệm”.