Theo nguồn tin ban đầu, ngày 8-1-2007, Công ty cổ phần thương mại Thuận Tiến (Công ty Thuận Tiến) ký hợp đồng chuyển tải xăng dầu với Công ty chế biến và kinh doanh các sản phẩm dầu mỏ PDC. Sau đó, Công ty Thuận Tiến thuê hai tàu của Công ty TNHH thương mại và dịch vụ Thành Công (Công ty Thành Công) vận chuyển gần 35 triệu lít dầu DO từ tàu Singapore về tổng kho PDC Vũng Tàu.

Khoảng 3g30 ngày 29-2-2008, tàu Thành Công 1 thực hiện chuyến vận chuyển cuối cùng chở 1.349 lít dầu cập cảng của tổng kho PDC. Trong lúc bơm dầu lên bồn, do phải nhường cầu cảng cho tàu nước ngoài nhập xăng vào kho nên tàu Thành Công 1 phải rời cảng. Theo quy định, sau khi tàu vào bơm hết dầu vào bồn, bộ phận giao nhận sẽ lập biên bản và xuất lệnh rời cảng. Mặc dù biết trên tàu vẫn còn dầu nhưng ông Sen vẫn lệnh cho thuyền trưởng chạy về TP.HCM với ý định chiếm đoạt số dầu trên.

Trên đường đi, tàu Thành Công 1 gặp tổ tuần tra của đội phòng ngừa, đấu tranh chống tội phạm trên đường thủy thuộc Phòng CSGT đường thủy Công an BR-VT chặn lại kiểm tra. Tổ công tác gồm ông Võ Văn Lý (đội phó) và Nguyễn Chí Thanh phát hiện trên tàu có dầu nhưng không có hóa đơn chứng từ.

Do quen biết từ trước, ông Lý điện thoại cho ông Sen thông báo sự việc. Sau khi trao đổi, ông Lý dùng canô tuần tra chạy vào cảng để đón ông Sen ra tàu “nói chuyện”. Tại đây, ông Sen đã năn nỉ xin hai ông Lý, Thanh bỏ qua và hứa sẽ bồi dưỡng. Ông Lý đồng ý và chỉ đạo ông Thanh hủy biên bản. Ngày hôm sau, ông Sen về Tiền Giang lấy 700 triệu đồng và mượn thêm 300 triệu đồng mang xuống Vũng Tàu đưa cho hai ông Lý, Thanh. Số tiền này hai người chia đều mỗi người 500 triệu đồng.

Khi vụ việc chuyển sang cơ quan điều tra xem xét, hai ông Lý, Thanh khai có nhận tiền bồi dưỡng nhưng sau đó phủ nhận cho rằng đó là tiền vay mượn. Sau khi bị khởi tố, bắt giam, hai bị can Lý, Thanh khai có nhận 1 tỉ đồng, nhưng chỉ có 200 triệu là tiền bồi dưỡng (mỗi người 100 triệu), còn lại 800 triệu là tiền vay (mỗi người vay 400 triệu đồng). Còn bị can Sen khai số tiền 1 tỉ đồng là tiền đưa hối lộ nhưng sau đó khai lại chỉ bồi dưỡng hai ông Lý, Thanh 200 triệu đồng.

Cơ quan điều tra thống nhất đã đủ cơ sở kết luận Sen đưa hối lộ hai bị can Lý, Thanh 200 triệu đồng. Số tiền 800 triệu đồng còn lại bị can Sen cho Lý, Thanh mượn là có căn cứ vì trước đó hai bị can này từng đề cặp đến chuyện này nhưng chưa được Sen giải quyết.