Theo đó, người nộp thuế thuộc trường hợp được hoàn thuế theo quy định tại Luật Thuế giá trị gia tăng tự xác định số tiền thuế giá trị gia tăng đủ điều kiện khấu trừ, hoàn thuế, khai đề nghị hoàn thuế, lập và gửi hồ sơ đề nghị hoàn thuế đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp.

Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng gồm: Giấy đề nghị hoàn trả khoản thu ngân sách nhà nước theo mẫu quy định; các tài liệu khác theo quy định tại các điều từ Điều 50 đến Điều 56 (trừ Điều 53) của Thông tư số 156/2013/TT-BTC.

Người nộp thuế được gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử hoặc nộp trực tiếp tại cơ quan thuế hoặc gửi qua đường bưu chính. Cụ thể, người nộp thuế gửi hồ sơ hoàn thuế điện tử qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế kể từ thời điểm cơ quan thuế chấp nhận giao dịch hoàn thuế điện tử theo quy định. Người nộp thuế gửi trực tiếp hồ sơ hoàn thuế bằng giấy hoặc gửi qua đường bưu chính đến cơ quan thuế quản lý trực tiếp người nộp thuế.

Cơ quan thuế tổ chức thẩm định hồ sơ hoàn thuế đối với: phiếu đề xuất hoàn thuế, dự thảo Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước), thông báo về việc không được hoàn thuế (nếu có) trước khi ban hành Quyết định hoàn thuế (hoặc Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước).

Thời hạn hoàn thành việc thẩm định hoàn thuế là: 01 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 03 ngày làm việc đối với hồ sơ thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ thời điểm tiếp nhận đầy đủ hồ sơ đề nghị thẩm định.

Quy định về ban hành quyết định hoàn thuế, Thông tư nêu rõ, căn cứ kết quả thẩm định và giám sát hồ sơ hoàn thuế theo quy định, Cục trưởng Cục Thuế xem xét ký ban hành Quyết định hoàn thuế/Quyết định hoàn kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước hoặc Thông báo về việc không được hoàn thuế quy định tại Thông tư 156/2013/TT-BTC. Cục trưởng Cục Thuế chịu trách nhiệm về quyết định hoàn thuế theo quy định của pháp luật.

Thời hạn ban hành Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ thu ngân sách nhà nước chậm nhất không quá 06 ngày làm việc đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện hoàn thuế trước, kiểm tra sau; 40 ngày đối với hồ sơ hoàn thuế thuộc diện kiểm tra trước, hoàn thuế sau kể từ ngày nhận được đủ hồ sơ hoàn thuế của người nộp thuế.

Quyết định hoàn thuế được gửi cho người nộp thuế, cơ quan, tổ chức có liên quan. Trường hợp người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử, Quyết định hoàn thuế/ Quyết định hoàn thuế kiêm bù trừ khoản thu ngân sách nhà nước được gửi qua Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế.

Thông tư cũng quy định rõ về công khai thông tin giải quyết hoàn thuế. Người nộp thuế thực hiện hoàn thuế điện tử được tra cứu thông tin về việc giải quyết hoàn thuế của cơ quan thuế theo quy định tại Thông tư số 110/2013/TT-BTC.

Cơ quan thuế công khai trên Cổng thông tin điện tử của Tổng cục Thuế  về: thời điểm tiếp nhận hồ sơ hoàn thuế; thời điểm tiếp nhận văn bản giải trình, bổ sung thông tin, tài liệu của người nộp thuế; thời điểm ban hành thông báo, quyết định giải quyết hoàn thuế giá trị gia tăng của cơ quan thuế.

Thông tư có hiệu lực thi hành từ 13-8-2016.