Bộ Giáo dục và Đào tạo là cơ quan quản lý nhà nước nên đương nhiên có nhiều đại học, trường đại học trực thuộc nhất. Hiện bộ này quản lý trực tiếp 119 đại học, trường đại học.

Trong số 16 bộ, chỉ có Bộ Khoa học và Công nghệ không có trường đại học trực thuộc. Bộ này chỉ có viện chuyên đào tạo sau đại học.

Bộ Văn hóa - Thể thao và Du lịch là đơn vị có số lượng cơ sở giáo dục đại học trực thuộc đứng thứ hai với 13 trường đại học, học viện. Bộ này quản lý trực tiếp các trường khối văn hóa, thể thao, âm nhạc, nghệ thuật.

Trong khi đó, hầu hết các trường chuyên đào tạo khối ngành sức khỏe (không tính các trường, khoa thuộc các đại học quốc gia và đại học vùng) đều trực thuộc Bộ Y tế. Trong khối trường chuyên đào tạo nhóm ngành sức khỏe, có 2 trường không thuộc Bộ Y tế là Trường đại học Y khoa Vinh trực thuộc UBND tỉnh Nghệ An, và Trường đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch trực thuộc UBND TP.HCM.

Đây là bộ có số trường trực thuộc đứng thứ ba với 11 trường đại học, học viện trực thuộc.

Bộ Công Thương có 9 trường đại học trực thuộc. Hầu hết các trường thuộc bộ này là các trường khối công nghiệp, thương mại, tập trung hầu hết ở phía Bắc, chỉ có hai trường ở phía Nam.

Bộ Nội vụ trước đây có hai trường trực thuộc. Tuy nhiên từ năm 2022, Trường đại học Nội vụ đã được sáp nhập vào Học viện Hành chính quốc gia.

Việc quản lý trực tiếp các trường đại học có sự khác biệt ở nhiều khối trường. Cả nước hiện có 5 trường đại học sư phạm kỹ thuật. Tuy nhiên, ba trong số này trực thuộc Bộ Lao động, Thương binh và Xã hội là Sư phạm Kỹ thuật Nam Định, Vinh và Vĩnh Long. Hai trường Sư phạm Kỹ thuật TP.HCM và Hưng Yên trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Tương tự, cùng đào tạo luật nhưng Trường đại học Luật Hà Nội thuộc Bộ Tư pháp, trong khi Trường đại học Luật TP.HCM trực thuộc Bộ Giáo dục và Đào tạo.

Giao hội đồng trường làm chức năng của cơ quan chủ quản trường đại học

Cơ quan chủ quản đang can thiệp vào các vấn đề tự chủ, đặc biệt là bộ máy quản lý, nhân sự và đầu tư của các cơ sở giáo dục đại học.