Người dân, doanh nghiệp xếp hàng chờ làm thủ tục tại Cục thuế TP.HCM - Ảnh: Tư liệu Tuổi Trẻ

Sáng 12-12, tại buổi đối thoại giữa hơn 300 doanh nghiệp với lãnh đạo Cục Thuế TP.HCM do Trung tâm xúc tiến thương mại và đầu tư TP.HCM tổ chức, nhiều doanh nghiệp đã tỏ vẻ bức xúc về cách tính thuế chưa thống nhất giữa Cục thuế TP.HCM và các chi cục thuế quận, huyện.

Hai doanh nghiệp cùng hỏi một vấn đề nhưng cơ quan thuế lại trả lời áp dụng thuế suất khác nhau.

Không chỉ mỗi nơi áp dụng một kiểu, mà cách giải quyết của ngành thuế còn mâu thuẫn trong văn bản trả lời của chính cơ quan này.

Đại diện công ty TIMATEX VN, cho biết Chi cục Thuế quận Thủ Đức tính thuế giá trị gia tăng đầu vào đối với dịch vụ vận tải, giao nhận hàng là 10%. Trong khi Cục Thuế TP tính thuế 0%. Chưa kể, cùng mặt hàng nhưng công ty này được áp dụng thuế suất 5% nhưng công ty kia lại 10%.

Trả lời về các thắc mắc về sự không thống nhất trong cách áp dụng của các cơ quan thuế, bà Trần Thị Lệ Nga, Cục phó Cục thuế TP.HCM khẳng định Cục thuế chỉ có thể chọn một cái đúng để trả lời, và chỉ có một cách áp thuế.

Cách trả lời chính xác sẽ được áp dụng xuyên suốt. Tuy nhiên trên thực tế, có thể vấn đề của các công ty có sự khác nhau nhưng công ty đọc hướng dẫn ngộ nhận mình cũng được áp dụng thuế như công ty kia nên thắc mắc.

Đại diện một công ty sản xuất thiết bị y tế cho biết theo quy định 2009, việc đầu tư mở rộng của doanh nghiệp sẽ không còn được hưởng ưu đãi. Theo hướng dẫn cách tính của thông tư 78, tài sản tăng thêm do mở rộng liên quan đến nhà xưởng và máy móc thiết bị.

Tháng 12-2008, công ty thay đổi giấp phép đầu tư, tăng quy mô vốn đầu tư, tăng quy mô số lượng sản phẩm. Giữa năm 2009 công ty chuyển nhà máy sản xuất từ bên ngoài vào khu chế xuất nên chỉ có một địa điểm sản xuất kinh doanh.

Khi tính giá trị đầu tư mở rộng thì cơ quan thuế không tính giá trị nhà xưởng năm 2009 thì không hợp lý vì không thể nào công ty không có nhà xưởng để hoạt động.

Hiện tại thanh tra thuế cho rằng thanh tra đã quyết định như vậy, nếu không đồng ý thì sẽ đưa ý kiến vào văn bản và khiếu nại.

Theo bà Nga, về nguyên tắc, từ năm 2009, tất cả các ưu đãi đầu tư mở rộng sẽ không còn được hưởng ưu đãi về thuế thu nhập doanh nghiệp.

Tuy nhiên, trường hợp của công ty trước đây có trụ sở ở bên ngoài khu chế xuất vì lý do gì đó mà không thuê khu sản xuất bên ngoài nữa mà di dời vào Khu chế xuất, đồng thời phần di dời có thêm đầu tư sản xuất, máy móc thiết bị.

Như vậy, trong trường hợp đó phải có tách biệt ra phần nào là phần di dời và phần nào là phần đầu tư tăng thêm. Bà Nga chủ động hẹn doanh nghiệp làm việc trực tiếp tại phòng với đội thanh tra để làm việc, thống nhất cách giải quyết.

“Nhiều doanh nghiệp phản ánh chính sách ban hành thông thoáng, nhưng khi thừa hành thì lại gặp khó khăn ở cơ quan thuế cấp dưới.

Do đó cục thuế sẽ tập huấn cho tất cả viên chức thuế, quán triệt nội dung. Đồng thời tập huấn cho doanh nghiệp đảm bảo sự hiểu thống nhất giữa doanh nghiệp và ngành thuế”, bà Nga cho biết.