Chiều cùng ngày, PC46 còn thực hiện lệnh bắt tạm giam sáu bị can khác gồm các cán bộ, nhân viên trong Công ty CP Thực phẩm công nghệ Sài Gòn và Trần Thị Bích Tuyền (ngụ Q.Tân Bình, TP.HCM, giám đốc nhiều công ty tại VN và đại diện cho nhiều công ty ma khác ở nước ngoài) - người được xác định là đối tượng cầm đầu đường dây buôn lậu và gian lận chứng từ để hoàn thuế giá trị gia tăng (VAT) hàng chục tỉ đồng.

Thông tin từ PC46 cho biết ngày 24-9-2013, tại cảng Cát Lái, Đội kiểm soát chống buôn lậu khu vực miền Nam phát hiện hai container hàng do Công ty CP Thực phẩm công nghệ Sài Gòn mở tờ khai là thuốc lá điếu hiệu Caraven “A”, trị giá hơn 23,6 tỉ đồng. Tuy nhiên khi kiểm tra thực tế, lực lượng hải quan phát hiện hai container này chứa 20 tấn gạo trắng, trị giá vài trăm triệu đồng chứ không phải thuốc lá như hồ sơ khai. Trong thời gian lực lượng hải quan kiểm tra hai container hàng chứa gạo trắng, một đối tượng đã chở hai container hàng khác chứa thuốc lá với ý định đánh tráo hai container hàng này nhưng bị phát hiện, bắt giữ. Cục Điều tra chống buôn lậu Tổng cục Hải quan đã ra quyết định khởi tố vụ án, sau đó chuyển toàn bộ hồ sơ, tài liệu cùng tang vật cho PC46 Công an TP.HCM điều tra tiếp tục.

Kết quả điều tra ban đầu của PC46 cho thấy ông Lê Dũng do có mối quan hệ tình cảm riêng và biết rõ những việc làm gian lận của Tuyền nhưng vẫn chủ động ký hợp đồng mua bán thuốc lá có giá trị thấp hơn giá thị trường, chỉ đạo các nhân viên dưới quyền phối hợp để tạo điều kiện cho Tuyền “phù phép” nhiều công đoạn nhằm chiếm đoạt tiền hoàn thuế VAT. Để “giải cứu” lô hàng thuốc lá vận chuyển vào nhằm đánh tráo hai container gạo bị phát hiện trước đó, Dũng, Tuyền và các đối tượng liên quan đã nhờ tổng lãnh sự một nước tại TP.HCM có văn bản đề nghị cho thông quan, xuất khẩu lô hàng.

Trước khi lô hàng bị phát hiện này, ngày 27-4-2013 Công ty CP Thực phẩm công nghệ Sài Gòn còn ký hợp đồng bán cho một công ty tại Campuchia (do Tuyền đại diện) 6.000 thùng thuốc lá, trị giá hơn 46 tỉ đồng. Trên thực tế, tài liệu thu thập được trong quá trình điều tra cho thấy lô hàng mà tờ khai ghi là 6.000 thùng thuốc lá này thực chất là hơn 60 tấn gạo. Ngoài ra, còn hàng trăm tờ khai hải quan với số lượng hàng xuất khẩu có giá trị hàng ngàn tỉ đồng của Công ty CP Thực phẩm công nghệ Sài Gòn bị tình nghi là gian lận để chiếm đoạt hàng trăm tỉ đồng thuế VAT đang tiếp tục được điều tra làm rõ.