Bảo vệ môi trường vùng đất này để phát triển lâu dài, bền vững là chủ trương được các cấp, các ngành tích cực thực hiện.

Vùng đất ngập nước ven biển tỉnh Phú Yên có nguồn tài nguyên khá phong phú; trong đó có 263 loài và dưới loài tảo phù du, 41 loài cỏ biển và thực vật ngập mặn, 14 loài động vật thân mền hai mảnh vỏ, 224 loài cá; trong đó có 7 loài có tên trong sách đỏ Việt Nam... Tận dụng lợi ích của vùng đất ngập nước này, Phú Yên đã phát triển thành vùng nuôi thủy sản lớn với diện tích gần 3.000 ha mặt nước và thả hơn 27.000 lồng nuôi. Mỗi năm, vùng cho sản lượng trên dưới 9.000 tấn; trong đó có từ 600 tấn đến 650 tấn tôm hùm và 7.800 tấn tôm sú, tôm thẻ chân trắng.

Tuy nhiên, cùng với sự gia tăng năng suất thủy sản là những tác động không thể tránh tới môi trường nước. Vì vậy, Trung tâm giống và Kỹ thuật thủy sản tỉnh Phú Yên đang thực hiện chương trình quan trắc thường xuyên với tần suất mỗi tháng một lần để đánh giá chính xác diễn biến môi trường nhằm đề ra kịp thời giải pháp giảm thiểu nguy cơ có hại đối với nghề nuôi, đồng thời bảo vệ nguồn nước. Về lâu dài, tỉnh Phú Yên đang thực hiện các nhóm giải pháp chính về quản lý môi trường nước; tổ chức hình thức khai thác thuỷ sản thích hợp theo hướng bền vững và khôi phục, bảo tồn nguồn lợi thuỷ sản sinh học.