Với mục tiêu quản lý bền vững vịnh Nha Trang, ban quản lý vịnh Nha Trang đã trình Sở Khoa học và Công nghệ một số đề tài nhằm nâng cao hiệu quả phân khu bảo vệ nghiêm ngặt Hòn Mun bằng phao neo bốn chấu; nghiên cứu sức chịu tải của phân khu bảo vệ nghiêm ngặt Hòn Mun.

Không chỉ là những giải pháp khoa học, từ năm 2015 đến nay, công tác bảo vệ môi trường đã được thực hiện thường xuyên tại khu vực vịnh này.

Cụ thể, ban quản lý vịnh Nha Trang (Khánh Hòa) đã phối hợp với đoàn viên, thanh niên các phường ven biển nhặt rác trên bãi biển, vận động các câu lạc bộ lặn biển tổ chức lặn vớt rác dưới đáy biển Hòn Mun. Riêng với Hòn Mun, khu vực được bảo vệ nghiêm ngặt nhất, đặc biệt là bảo vệ hệ sinh thái rạn san hô, công tác bảo dưỡng, sửa chữa phao neo, phao móc giới hạn, dàn dây phân vùng để phục vụ tàu thuyền neo đậu trong mùa du lịch được thực hiện thường xuyên.

Riêng trong 6 tháng đầu năm, đội tuần tra ban quản lý vịnh Nha Trang thường xuyên tổ chức kiểm tra và kịp thời chấn chỉnh các đơn vị, cá nhân có tổ chức những hoạt động du lịch làm ảnh hưởng đến rạn san hô, cố tình bẻ san hô, hoặc neo đậu tàu thuyền làm gãy vỡ san hô… Đồng thời, ban quản lý vịnh đã làm mới 5 cụm phao neo đúc bê tông kết hợp neo sắt ở phía nam Hòn Mun và đông bắc Hòn Mun phục vụ bảo vệ hệ sinh thái