Điều này đã ảnh hưởng lớn tới công tác phục vụ sản xuất nông nghiệp cũng như sinh hoạt của người dân.

Cụ thể, nước sông đang bị ô nhiễm xảy ra trên hệ thống sông Nhuệ, sông Cầu Bây, sông La Khê và nhiều tuyến sông, kênh mương khác.

Nguyên nhân dẫn đến tình trạng ô nhiễm nguồn nước sông là do nước thải của các cơ sở sản xuất, làng nghề, khu vực chăn nuôi, giết mổ gia súc, gia cầm, khu vực dân sinh… chưa qua xử lý hoặc xử lý chưa đạt tiêu chuẩn chất lượng đã xả vào hệ thống công trình thủy lợi.

Sông Cầu Bây đang là nguồn cung cấp và nơi thoát nước cho canh tác nông nghiệp ở một số phường, xã thuộc quận Long Biên và huyện Gia Lâm. Tuy nhiên, sông Cầu Bây hiện đã bị ô nhiễm nặng nề vì hàng ngày đang tiếp nhận một lượng nước thải lớn chưa xử lý (nước thải sinh hoạt của các khu vực dân cư Long Biên, Gia Lâm, nước thải công nghiệp từ các khu công nghiệp hai bên sông).

Hiện nay, sông Nhuệ đang phải hứng chịu nguồn nước thải sinh hoạt từ sông Tô Lịch, sông Kim Ngưu đổ về. Ngoài ra, nước thải từ các nhà máy, cơ sở chế biến và từ các khu đô thị mới như Văn Quán, Linh Đàm chưa qua xử lý đổ thẳng ra sông. 

Bên cạnh đó, người dân cũng vứt rác thải trực tiếp ra bờ sông. Vì vậy, sông Nhuệ càng ô nhiễm nặng hơn một phần cũng do chính người dân sống xung quanh đó gây ra.

Để từng bước quản lý tình trạng xả thải bừa bãi, Hà Nội đã chỉ đạo các cấp, các ngành tăng cường sự phối hợp, vận động tuyên truyền để các tổ chức, cá nhân nâng cao nhận thức về bảo vệ môi trường, bảo vệ nguồn nước, cũng như có biện pháp xử lý nước thải trước khi xả vào môi trường và hệ thống công trình thủy lợi. 

Bên cạnh đó, Sở Tài nguyên và Môi trường và chính quyền cơ sở cần có biện pháp xử lý triệt để đối với các tổ chức, cá nhân xả nước thải trực tiếp chưa qua xử lý vào hệ thống công trình thủy lợi.

Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội cũng đã chỉ đạo các doanh nghiệp thủy lợi thường xuyên kiểm tra hệ thống công trình thủy lợi, lập biên bản và đề nghị chính quyền cơ sở ở các quận, huyện, thị xã có biện pháp với các cơ sở sản xuất để giảm thiểu việc xả thải chưa qua xử lý vào hệ thống công trình thủy lợi.

Đồng thời, Sở Nông nghiệp và Phát triển nông thôn Hà Nội cũng đã có các văn bản gửi Sở Tài nguyên và Môi trường đề nghị phối hợp, xử lý các tổ chức, cá nhân trực tiếp xả thải không qua xử lý vào công trình thủy lợi, tuy nhiên hiệu quả đạt được còn rất thấp.