Tháng 3-2011, Bộ Giao thông vận tải xác định phương án đổ bùn đất nạo vét luồng cảng tại hai vị trí: khu vực Nam Cát Hải (sau đê chắn sóng hai bến khởi động cảng) và khu công nghiệp Nam Đình Vũ.

Tuy nhiên, đoàn tư vấn JICA (Nhật Bản) đã đề xuất thêm phương án đổ đất nạo vét xuống biển ở khu vực cách luồng khoảng 16km. Sau đó, UBND TP Hải Phòng đã có báo cáo gửi Thủ tướng đánh giá phương án này có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường biển Hải Phòng và ảnh hưởng đến vùng biển Hạ Long nên TP không chấp thuận, đồng thời đề nghị Thủ tướng lựa chọn địa điểm đổ bùn đất tại KCN Nam Đình Vũ.

Tuy nhiên, Bộ Giao thông vận tải lại có văn bản đề nghị UBND TP Hải Phòng thống nhất địa điểm đổ đất nạo vét cảng tại KCN Nam Đình Vũ nhưng phải có thêm phương án đổ thải ra biển. Ngày 5-4-2012, UBND TP Hải Phòng ra văn bản thống nhất với Bộ GTVT về địa điểm đổ bùn đất nạo vét theo hai phương án trên, và có thêm phương án đổ bùn đất nạo vét ra biển.

Theo PGS.TS Đỗ Công Thung - trưởng Phòng Tài nguyên - môi trường biển (Viện Nghiên cứu biển), phương án đổ bùn ra biển ở vị trí nào cũng không thể tránh được tác hại. Riêng tại đảo Cát Bà, từ việc đổ bùn có thể “khai tử” bãi giống thủy hải sản tự nhiên có giá trị bậc nhất về bảo tồn giống loài khu vực phía Bắc và các hệ sinh thái nổi bật toàn cầu.

“Đặc biệt, các loài quý hiếm như cá heo, bãi san hô... cũng có thể vì thế mà mất đi. Đó là chưa kể đến ảnh hưởng đối với vịnh Hạ Long và các vùng lân cận” - ông Thung nói.

Ông Lê Văn Thành, phó chủ tịch UBND TP Hải Phòng, cho biết hiện Bộ GTVT và Bộ TN&MT vẫn đang tiếp tục khảo sát, đánh giá tác động và chưa có quyết định phương án đổ bùn cụ thể.